Полное секвенирование экзома

Полное секвенирование экзома определение структуры кодирующих участков (всех генов) всех генов. В исследование включены как клинически значимые, так и все остальные гены человека, всего около 20 000 генов.

Тест рекомендуется, в случаях, когда другими методами не удалось установить причину заболевания, но есть высокая вероятность его генетической природы.

• При недифференцированной задержке развития/умственной отсталости.
• При расстройствах аутистического спектра (РАС).
• При недифференцированных формах врожденных пороков развития в сочетании с задержкой развития или без нее.
• В качестве первого теста для диагностики генетически гетерогенных заболеваний (например нервно-мышечные заболевания).
• Для определения статуса носительства наследственных заболеваний.

Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием экзома

• Однонуклеотидные и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех генов;
• Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов
• Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с огранчениями);

Метод исследования и его клиническая эффективность

Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома не менее 70x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем 70 раз для снижения влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования). При полном секвенировании экзома после секвенирования панели генов дополнительно выявляются от 5 до 15% патогенных вариантов. Если тест выполнялся в качестве первой линии диагностики, вероятность обнаружения причины заболевания составляет 15-40% в зависимости от заболевания.

Ограничения метода: Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Точность метода, также снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).

Заключение по результатам исследования

В результате исследования может быть получена информация о десятках тысяч генетических вариантов, которые, как правило, являются непатогенными, даже если и находятся в клинически значимых генах. Для оценки патогенности каждого обнаруженного варианта используются специальные алгоритмы, которые позволяют выделить только варианты, которые с наибольшей вероятностью могут быть патогенными. Таких вариантов может быть от нескольких до нескольких десятков. Если при заказе исследования пациент представил медицинскую документацию, то среди клинически значимых вариантов вариантов выбираются те, которые имеют отношение к фенотипу пациента. В заключение включаются только варианты, являющиеся патогенными и вероятно патогенными в соответствии с критериями ACMG или классифицированы таковыми в базе данных ClinVar и имеющие связь с фенотипом пациента. К заключению прилагается файл со всеми обнаруженными вариантами. Однако, следует знать, что интерпретация данных секвенирования является непростой задачей, требующих специальных знаний. Только врач-генетик, прошедший специальную подготовку может дать правильную консультацию по результатам исследования.

Следующее обследование: При выявлении клинически значимых вариантов может потребоваться обследование родителей пробанда или других родственников. Если тест не выявил причины заболевания но подозрение на его генетическую причину осталось, то пациенту может быть рекомендовано исследование следующего уровня - клиническое или полное секвенирование генома. Для пациентов выполнивших тест полное секвенирование экзома, при проведении теста следующего уровня, предоставляется скидка в размере 70% от стоимости ранее выполненного исследования. Скидка предоставляется в течение года после оформления услуги.

Возможные варианты заключения

Положительный результат
Положительный результат означает, что существуют некоторые изменения в генетическом материале. Как правило, эти изменения являются патогенными, то есть доказана их ассоциация с генетическими заболеваниями. В данном случае необходимо получить консультацию врача-генетика для выяснения, что данный результат может означать для пациента, его детей или других членов семьи.

Отрицательный результат
Отрицательный результат означает, что с помощью полноэкзомного секвенирования не было обнаружено никаких генетических изменений. Однако, это не означает отсутствия генетической причины заболевания. Необходимо получить консультацию врача-генетика для получения рекомендаций по дополнительному генетическому тестированию. В ряде случаев полное секвенирование экзома требует сочетания с хромосомным микроматричным анализом.

Результат с неопределенным значением
В результате полноэкзомного секвенирования могут быть обнаружены изменения ДНК, значение которых до конца не выяснено. Некоторые из этих изменений могут оказаться патогенными, но ранее не описанными, другие могут оказаться вариантом нормы. Для того, чтобы определить, являются ли данные изменения значимыми, требуется обследование родителей, либо других родственников обследуемого.

Непредвиденный результат
Данный тест иногда может обнаружить изменения в ДНК человека, которые не связаны с тем заболеванием, которое явилось причиной проведения тестирования, но тем не менее приводящие к серьезной патологии (которая не диагностирована у пациента на момент проведения исследования). Это называется непредвиденным результатом. Возможные непредвиденные результаты включают, например, мутации, которые увеличивают риск рака или сердечно-сосудистых заболеваний.

Как пройти исследование

Нужно сдать венозную кровь в пробирку ЭДТА, 2-3 мл.

Необходимо взять с собой или прислать нам на электронную почту заключения врачей с клинической картиной пробанда (исследуемого пациента).